Un jeu disponible sur smartphone, où le joueur doit trancher des fruits au fur et à mesure qu'ils apparaissent à l'écran en faisant glisser son doigt sur ces fruits. Il existe aussi des fruits aux pouvoirs spéciaux et des bombes qui achèvent la partie. L'objectif du jeu est d'obtenir le score le plus élevé en tranchant le plus de fruits possible et en réalisant des combos. Des points supplémentaires sont accordés à chaque fin de partie lorsque le joueur a tranché plusieurs fruits d'un seul coup durant la partie ou lorsqu'il tranche le fruit rare apparaissant à la fin de la partie. Le joueur perd une vie à chaque fruit manqué quittant l'écran. Lorsque les trois vies sont perdues, le partie touche à sa fin. Les joueurs peuvent gagner une vie à chaque fois que leur score atteint un multiple de 100.

Fruit Ninja propose aussi d'autres modes ayant un objectif différent. Le mode classique est le mode normal du jeu où les joueurs doivent essayer d'obtenir le score le plus élevé possible. Le mode zen est similaire au mode classique à l'exception du fait qu'il n'y a aucune bombe. Dans le mode arcade, les joueurs disposent de 60 secondes pour réaliser le score le plus élevé.