Une maladie dans laquelle le système immunitaire, naturellement conçu pour protéger le corps contre les envahisseurs étrangers comme les virus et les bactéries, au lieu de cela se retourne contre et cause des dommages aux tissus sains de l'organisme. Le système immunitaire est une organisation complexe au sein de l'organisme qui sert normalement à des envahisseurs « seek and destroy » du corps, y compris les agents infectieux. Patients avec auto-immunes maladies ont souvent inhabituelles anticorps circulant dans le sang qui ciblent leurs propres tissus de l'organisme.

Maladies auto-immunes exemples de lupus érythémateux, le syndrome de Gougerot-Sjögren, thyroïdite de Hashimoto, polyarthrite rhumatoïde, diabète juvénile (type 1), polymyosite, la sclérodermie, Addison maladie, vitiligo, anémie pernicieuse, glomérulonéphrite et fibrose pulmonaire.

Maladies auto-immunes sont plus fréquentes chez les femmes que chez les hommes. Il semble que l'oestrogène de femelles peut-être influer sur le système immunitaire pour prédisposer certaines femmes aux maladies auto-immunes. Par ailleurs, la présence d'une auto-immunes maladies augmente les chances de développer une autre maladie auto-immune simultanée.