Corps de Shedinja est basé sur l'exosquelette de l'insecte hangar. C'est pourquoi, son corps est complètement creux (il ne possède aucun des organes internes). L'interpréteur de commandes est constitué de chitine et est tout à fait incapable de mouvement. Comme c'est le shell de hangar d'un Ninjask pleinement développée, elle a une forme semblable à celle-ci. Corps entier de Shedinja couleur brun ; l'abdomen est d'une teinte plus foncée. Il y a quatre protubérances où les membres de Ninjask sont développaient. Ce qui semble être ses yeux sont en fait des fentes, peut-être pour le Ninjask la coque abritait jadis à regarder à travers. Shedinja a une paire de ce qui semble être en lambeaux « wings » sur son dos, ce qui est en réalité où l'exosquelette était déchiré par Ninjask pour se libérer de la coquille. Entre les « ailes », il y a un trou, dont le Ninjask a échappé. Chaque « aile » se divise en trois morceaux. Ces « ailes » n'en fait effectuent une fonction, comme corps de Shedinja est immobile et fait de la lévitation. Deux lignes horizontales encercle son abdomen. Flotteurs un halo blanc en permanence au-dessus de sa tête.