Le procédé des boues activées anaérobie se compose d'un bioréacteur et clarificateur en série. Quand affluent des déchets sont pompée dans le bioréacteur, bactéries sont autorisés pour digérer les déchets et biogaz est créé. Le gaz est ensuite recueilli dans la partie supérieure du bioréacteur dans une variété de façons. Les effluents de déchets, souvent appelé liqueur mixte, sont envoyé à un clarificateur où les plus solides sont autorisés à s'installer hors de la solution. Une partie de ces sédiments sont retournés pour le bioréacteur afin de maintenir un niveau adéquat de la biomasse dans le réacteur. Le liquide effluent du clarificateur est alors prêt pour l'élimination.