Brachiopodes forment un des rares phylums qui ont été présents sur terre depuis plus de 550 millions ans, depuis les premiers temps du Cambrien, où a eu lieu la première apparition généralisée des animaux avec des squelettes minéralisés. Ils constituaient le groupe le plus abondant filtreurs pour beaucoup de ce temps et dominent les dépôts fossilifères dans de nombreuses localités.

Brachiopodes sont encore présents dans tous les océans, mais sont fréquentes et abondantes que dans les zones d'accès restreint, comme la mer profonde, les fjords, les mers polaires, certaines parties de la Nouvelle-Zélande et la côte ouest de l'Amérique du Nord. Aussi, on les trouve souvent dans des habitats cryptiques (zones qui assurent la protection contre les perturbations physiques et inclure des crevasses, des grottes sous-marines et des surplombs rocheuses profond). Beaucoup de la mer peu profonde tempérée et tropicale, localités où ils étaient autrefois dominantes sont maintenant occupées par des mollusques bivalves. Si ce remplacement est dû à la concurrence ou si les bivalves colonisés plus avec succès l'espace mis à disposition après le déclin dramatique de brachiopodes, au cours de l'événement d'extinction massive à la fin de la période du Permien 150 millions d'années, est vivement débattue. Dans certains domaines, toutefois, qu'ils dominent encore les sites locaux, ayant une densité supérieure parfois 1 000 individus par mètre carré.