Une puissante méthode d'imagerie 3D à l'aide d'un microscope électronique. Objets d'imagerie biologique avec un microscope électronique, en principe, est très similaire à l'imagerie avec un microscope. Dans l'imagerie par tomographie électronique, une haute énergie (généralement 100 – 400 kV) faisceau cohérent est utilisé comme source d'illumination, et les lentilles de focalisation sont des lentilles magnétiques. Faisceau d'électrons l'incident interagit avec le spécimen et comporte des informations sur la structure interne de l'échantillon que les images sont formées par les lentilles de l'objectif. Ces images sont encore amplifiées et enregistrées sur films photographiques ou caméras couplé-dispositif de charge (CCD) comme des images de projection 2D. La projection 2D images contiennent des informations à travers l'épaisseur de l'échantillon s'est écroulé sur un avion. Traditionnellement, cette méthodologie a été utilisée avec succès pour étudier l'ultrastructure cellulaire et analyser l'immunomarquage des sections ultra-minces de spécimens biologiques à des résolutions qui sont 100 fois meilleures que celle obtenue avec la microscopie photonique. Toutefois, lorsque des spécimens plus épais sont analysées, en raison de la grande profondeur de discussion avec le faisceau d'électrons, images de projection 2D contiennent superposition d'éléments dans la direction du faisceau d'électrons qui masque une grande partie de l'information. Néanmoins, parce que ces images de projection 2D contiennent des informations de toutes les hauteurs de l'échantillon, il est donc possible en combinant les différents points de vue de ces images de projection pour obtenir la structure interne 3D de l'objet d'un ensemble d'images de projection 2D à l'aide d'une méthode d'imagerie telles que la tomographie électronique (HE).