« L'hypothèse de hygiène, » parfois appelé « l'hypothèse à vieux amis », est que les humains ont évolué avec certaines bactéries intestinales et vers, dont la présence peut « entraîner » le système immunitaire ne pas à réagir contre des organismes commensaux inoffensives. Que les gens sont devenus plus prospères et mènent un mode de vie « plus sain », ces organismes ont été perdus dans l'intestin et le système immunitaire perd son équilibre naturel. Cela prédit une augmentation significative de maladies immunitaires, allergiques et auto-immunes, qui en fait a été observée dans les pays développés au cours des dernières décennies.