Les chromosomes eucaryotes sont divisés en domaines indépendants avec des structures distinctes de la chromatine (euchromatine et l'hétérochromatine). Plupart des gènes résident dans des domaines euchromatiques qui sont associés avec les baies irrégulières nucléosomique enrichis histones (protéines basiques de noyaux de cellules) qui sont hyperacetylated et méthylé en lysine 4 de l'histone H3. Adaptations nucléosomique établissent des structures de la chromatine qui sont généralement permissives à transcription factor association et gène la transcription.

Dans un domaine donné euchromatique, gènes voisins affichent souvent des modèles d'expressions différentes, ce qui indique que les domaines fonctionnels distincts existent au sein de grandes régions euchromatiques. Domaines euchromatiques transcriptionally actifs sont entrecoupées d'hétéro-chromatiques régions qui sont organisées en tableaux réguliers de nucléosomes hypoacetylated qui sont méthylés sur la lysine 9 de l'histone H3 et gène pauvres. Modifications d'histone hétérochromatique de génèrent une plate-forme pour l'interaction avec les protéines qui se répandent en direction de la CEI le long de l'accès de facteur de transcription du chromosome et limite à séquences cibles. Classe A de l'acide désoxyribonucléique (ADN) des éléments appelés isolateurs définit les jonctions entre les domaines structuraux et fonctionnels de la chromatine.