Une méthode d'identification automatisée par séquence et évaluation quantitative des gènes exprimés, ce qui n'est pas affectée par les variations de séquence dépendante dans l'efficacité de l'hybridation. Une banque d'ADNc faisant, un fragment d'ADN par perle, est immobilisé dans une cellule d'écoulement plane qui permet une exposition à une séquence de réactifs et de numérisation de la cellule pour enregistrer la position des étiquettes fluorescentes ci-joint. L'intégralité de votre bibliothèque est séquencé en même temps en cycles ; au cours du cycle, chaque perle rapporte une séquence de quatre-base, donc quatre ou cinq cycles suffisent identifier sans équivoque un fragment. Pour lancer la procédure, une endonucléase expose les quatre-base surplombs. Les séquences de ces saillies sont identifiés en quatre étapes pour identifier la première, deuxième, troisième et quatrième base par ligature d'un oligonucléotide adaptateur caractéristiquement étiqueté. Dans la première étape, 16 adaptateurs qui sont présentent ont le premier nucléotide (5′) associé à une séquence de 3′ qui est conçue pour accepter l'une des quatre étiquettes fluorescentes ; les trois nucléotides de 5′ sont randomisées afin de permettre à toutes les séquences de modèles possibles lier un de l'ensemble des 16 oligonucléotides. Les positions des fluorophores au sein de la cellule de flux sont enregistrées et les adaptateurs clivé. Dans les trois prochaines étapes, les deuxième, troisième et quatrième positions sont de la même manière déterminées. Le cycle se termine par les extrémités exposées 5′ étant raccourcies pour permettre la prochaine séquence de quatre-base à déterminer dans le prochain cycle. En raison du nombre de perles qui sont hébergés par cette méthode, chaque cDNA peut-être se faire représenter jusqu'à des centaines de fois ; le nombre de perles qui contiennent chaque séquence unique, est donc une mesure de l'expression génique.