Tout composé organique, coloré, habituellement appelé colorant utilisé pour la coloration des tissus, cellules, composants cellulaires ou contenu de la cellule. Le colorant peut être naturel ou synthétique. L'objet coloré est appelée le substrat. La petite taille et la transparence des microorganismes rendent difficiles à voir même avec l'aide d'un microscope de haute puissance. Coloration facilite l'observation d'un substrat en introduisant des différences de densité optique ou en absorption de la lumière entre le substrat et le son surround ou entre les différentes parties du même substrat. En microscopie électronique et parfois en microscopie photonique (comme dans la technique d'imprégnation à l'argent de la coloration des flagelles ou capsules), la coloration est accomplie par dépôt sur les particules d'ultraphotoscopic de substrat d'un métal comme le chrome ou or (le soi-disant processus occultant); ou la coloration se faite en traitant le substrat avec des solutions de composés métalliques tels que l'acide phosphotungstique ou de l'acétate d'uranyle. Ce type de coloration n'est pas traité dans cet article.