Shaymin est une petite créature hérisson-comme. Son corps est blanc pur. Son dos est recouvert de fourrure verte et a une fleur rose avec deux feuilles sur chaque côté de sa tête, qui ressemble à la fleur de Gracidée, plusieurs fleurs de Gracidée-like apparaissent également sur le dos chaque fois qu'il se sent confortable, mais quand il sent un danger imminent, il cache rapidement ce retour. Ses jambes sont courtes et sa face inférieure est dodu. Shaymin est le Pokémon légendaire le plus petit à ce jour. Fonction de la hauteur du Pokédex de 0'08 ", c'est aussi parmi le Pokémon presque plus petite dans l'existence, avec ses camarades étant Taupiqueur, Natu, Azurill, Budew, Burmy et Chingling, seulement dépassé par Joltik.