La présence de micro-organismes dans les aliments est un phénomène naturel et inévitable. Cuisine généralement détruit la plupart des bactéries nuisibles, mais les aliments insuffisamment cuits, prêt-à-manger les aliments transformés et les aliments transformés peuvent contenir des bactéries nocives qui constituent des menaces graves pour la santé. Viandes, produits laitiers, et produits de volaille sont des réservoirs importants pour de nombreux les pathogènes d'origine alimentaire, y compris les Salmonella, Campylobacter, Listeria et Escherichia coli O157: H7. Sous-produits de animaux, tels que les compléments, alimentaires peut aussi transmettre des agents pathogènes pour les animaux (par exemple, la salmonelle et l'encéphalopathie spongiforme bovine). De fruits de mer est une autre source potentielle de pathogènes d'origine alimentaire, telles que Vibrio, Listeria, et de l'hépatite a. infectieuse doses de bon nombre de ces agents pathogènes sont très faibles (~ 10 cellules bactériennes), augmentation de la vulnérabilité des personnes âgées, les nourrissons et les personnes atteintes de déficiences immunologiques ou organe transplante.